El paquete longtable en LaTeX define los siguientes comandos para definir encabezados, y pies de tabla:

\endfirsthead: Linea o lineas que aparecen como encabezado en la primera página
\endhead: Linea o lineas que aparecen como encabezado de todas las páginas, excepto la primera
\endfoot: Linea o lineas que aparecen en el pie de la tabla de cada página, excepto en la última página
\endlastfoot: Linea o lineas que aparecen al final de la tabla

Hay que añadir un \endhead después de la primera fila de la tabla con el parámetro add.to.row de la función print.xtable. Muestro un ejemplo que he encontrado en StackOverflow:

addtorow          <- list()
addtorow$pos      <- list()
addtorow$pos[[1]] <- c(0)
addtorow$command  <- c(paste("\\hline \n",
                             "\\endhead \n",
                             "\\hline \n",
                             "{\\footnotesize Continúa en la página siguiente...} \n",
                             "\\endfoot \n",
                             "\\endlastfoot \n",sep=""))
x.big <- xtable(x, label = "tabbig", caption = "Ejemplo de una tabla que ocupa más de una página")
print(x.big, tabular.environment = "longtable", floating = FALSE,
      include.rownames = FALSE,  # addtorow no incluye los nombres de las filas
      add.to.row = addtorow,     # aquí es donde se añade el encabezado
      hline.after=c(-1))         # addtorow sustituye la hline de la primera fila

No tiene permiso suficiente para añadir comentarios