Pongamos un ejemplo:

Tenemos este data.frame:

df <- data.frame(Column1=c("id1", "id2", "id3"), Column2=c("text1,text2,text3", "text4", "text5,text6"), Column3=c("text7", "text8,text9,text10,text11", "text12,text13"))
df
  Column1           Column2                   Column3
1     id1 text1,text2,text3                     text7
2     id2             text4 text8,text9,text10,text11
3     id3       text5,text6             text12,text13

y nos interesaría llegar al siguiente resultado:

  Column1 variable                     value
1     id1  Column2                     text1
2     id1  Column2                     text2
3     id1  Column2                     text3
4     id2  Column2                     text4
5     id3  Column2                     text5
6     id3  Column2                     text6
7     id1  Column3                     text7
8     id2  Column3                     text8
9     id2  Column3                     text9
10    id2  Column3                    text10
11    id2  Column3                    text11
12    id3  Column3                    text12
13    id3  Column3                    text13

Para ello podemos utilizar la siguiente solución, que he cogido de StackOverflow:

library(reshape2)
library(splitstackshape)
library(dplyr)
select(na.omit(concat.split.multiple(melt(df, id.vars="Column1"), split.col="value", sep=",", direction="long")), -time)

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